大军前来围剿，由于原明锦衣指挥、金坛县人史顺震的告密，清军采用突然袭击的战术，捕获了潘茂、潘珍，并将他们解往南京处死。
崇祯十七年（1644）七月初十日，金声、江天一在安徽绩溪起兵抗清。金声，字正希，安徽休宁人。崇祯曾封他为翰林院修撰。福王监国时，他被封为左佥都御史，但因与马士英有矛盾而未到任，与门人江天一在家乡日夜操练乡勇，准备抗清。七月初十日，金声率绅衿士民哭于明太祖朱元璋像前，举起了反清大旗。之后，他听从江天一的建议，在绩溪筑起了丛山关，屯军其中，并号召各地起义。不久，一些回到原籍的明朝官吏，如山东御史、宁国人丘祖德，职方郎中、泾县人尹民兴，徽州推官温璜、池州人吴应箕等纷起响应，很快攻克了宁国、泾县、旌德。八月，清兵三路来攻，但金声等毫不畏惧，采取声东击西，乘间出击的战术，杀伤众多清兵。双方相持累月，终于寡不敌众，旌德、宁国、泾县先后落入清军之手。十月初九日，降将黄澍诈称援兵，骗取了金声的信任。次日，清兵里应外合，攻陷绩溪。金声、江一声被俘后，威武不屈，从容就死。
多尔衮入据京师后，京南的真定（今河北正定县）、保定、内黄、大名、冀州（今河北冀县）等地燃遍了抗清的烽火，到处树起抗清义帜。其中，保定香炉寨农民钱子亮、钱楼，乔家寨农民赵建英，宁晋泊农民韩国壁等，号称大王、都司；内黄农民苏自兴联络李自成部将王鼎铉，各称总督、大元帅。他们纷纷据险要为基地，起兵抗清，声势浩大。有的还联络山东、河南义军，有的潜入北京，散布流言，诸如当年八月中秋，清军要屠城，杀掉老、壮，仅留青年和小孩；」满州的头子们马上要滚回老家了「等等，搅得人心惶惶，统治者也张皇失措，手忙脚乱。顺治元年七月二十七日，清廷以降将沈文奎为右副都御史，巡抚保定。他一到任，各州县告急文书纷沓而至。沈文奎」拮据宵旦，多方调遣「，首先招降了真定义军首领赵崇阳，通过赵崇阳捕斩了韩国壁；接着令总兵王燝带兵围剿各路义军，先后擒杀了钱子亮、赵建英、苏自兴等。至该年底，畿南农民军基本上被清廷镇压。
清兵入关以后，统治者为了维护满族贵族的特权地位，增加奴仆的数量，实行了逼民」投充「的政策，准许各旗招收失去生计的贫民，以供」役使之用「。后来因遭到人民的反对，摄政王多尔衮在顺治元年（1644）七月十七日下令：凡能自赡的新附军民，不准投充为奴。但这一纸禁令不能解决任何问题，在满族贵族的逼迫下，发展到」不论贫富，相率投率「的地步。许多人因害怕土地被圈，或因逃避赋役，携带土地投充旗下；还有的将他姓地土认为己业带投旗下，造成一人投充而一家皆冒为旗下，府县无册可查，真假莫辨，政府控制的人户大为减少。此后，清廷又数次下令，重申禁止投充，但直至康熙初年，」投充「事件仍时有发生。
顺治入关定都北京后，即设立了内务府，以管理宫禁事务。顺治十一年（1654）裁撤，顺治十八年康熙即帝位后又重新恢复。内务府衙门当时分」内务府堂「（简称」堂上「，又称」本府「）及所属」七司「、」二院「等，总机关称」总管内务府衙门「。其最高官员为」总管内务府「。所属」七司「是：御用监，系为内务府掌管府藏及出纳总汇的机构；尚膳监，掌内务府所属武职官的铨选、任用及围猎、捕鱼之事，顺治十八年改为采捕衙门；钟鼓司，掌内廷礼乐并考核太监品级，顺治十三年改为礼仪监，顺治十七年又易名为礼仪院；内官监，管理内务府帑项出纳及庄园地亩之事，顺治十七年易名为宣徽院；借薪司，掌宫廷缮修工程事务，顺治十八年易名为内工部；三旗牛羊群牧处，掌牛羊畜牧事务；尚方司，掌审拟上三旗的刑名案件，顺治十一年设，十二年改为尚方院。所属」二院「是：御马，掌掌」御用「马匹，顺治十八年易名为」阿敦衙门「（阿敦系满语，意为马群）；鞍楼，是制备兵具、器械的机构，顺治十一年易名为兵仗局，顺治十八年又改为武备院。
顺治初年，清兵为解决军费的不足和财政困难，实行捐纳。允许士子」纳粟入监「，但是不能得官。后来放宽一步，允许被革职的官员纳粮，以恢复原来的官职。
顺治元年（1644）清兵入关后，建立起八旗常备兵制，仍严格实行按民族分别编制的原则，则满州、蒙古、汉军各为八旗，兵额总数约为二十二万余人。八旗兵以满州八旗为基干，采取世袭兵制，在年十六岁以上的八旗子弟中挑补旗兵。满、蒙、汉八旗，每旗各设都统（满语称固山额真）一人，副都统（满语称梅勒章京）二人；所属骁骑参领（满语称甲喇章京），满洲、汉军每旗各五人，蒙古每旗二人。镶黄、正黄、正白为上三旗，其兵丁负责保卫宫廷；镶白、正红、镶红、正蓝、镶黄为下五旗。行军巡狩以上三旗和正蓝共四旗居左为左翼，其余四旗居右为右翼。
顺治元年（1644），清兵略仿明制，制定了内外文武官制。设翰林院，置汉掌院学士一人，侍读、侍讲学士各二人。改部院左右参政为左右侍郎。改理事官为郎中，付理事官为员外郎。
顺治和历代统治者一样，也把儒家思想奉为正统，极力提倡尊孔读经。顺治元年（1644）六月十六日，清廷遣官祭先师孔子，是为入关后的首次祭孔。顺治于定鼎登基礼的第二天，即在十月初一日，便以孔子六十五代孙孔允植仍袭封衍圣公，兼太子太傅；孔允钰等仍袭五经博士。第二年的正月二十七日，改孔子牌为」大成至圣文宣先师孔子「。顺治十四年（1657）二月十六日，顺治又从吏科都给事中张文光奏请，将孔子牌仍改为至圣先师。
山东西部曹州一带的榆园农民军，原是一支坚强的反明起义队伍。顺治元年（1644）清军占领北京之后，榆园军在李化鲸等人的领导下转入抗清斗争，成为直鲁豫三省交界地区的抗清中心力量。李化鲸等人以濮州、范县（今河南范县）为基地，率军四出攻击清军，并奉明宗室忠义王为号召。反清队伍发展很快，人数达数十万。顺治四年（1647），榆园军还准备与河北农民军会师围攻大名，直逼北京。这时，降清后居住北京的刘泽清（南明福王政权江北四镇之一）也致书李化鲸，要为农民军作内应，事泄被清廷逮捕。清廷看到榆园军势力强大和河北危急，急调出征浙江的原明降将张存仁，总督直鲁豫三省军务，驻扎大名，集中力量剿杀榆园军。李化鲸等挥师山东，于顺治五年七月间连陷曹县、定陶、城武等地，并立天正年号，设官分部，封王、公、候，任命州县官。八月初一日，清廷调重兵围困曹县城。榆园军奋起抵抗，炮火轰天，矢石如雨，杀伤了大量清兵。清廷看到单靠武力围困不能迅速攻下曹县，便派河督杨方兴前往」抚慰「，九月十五日李化鲸等人出城与清军谈判时被生擒，十八日又被押解进京，十一月十二日与刘泽清并其弟、侄被清廷处死。李化鲸牺牲后，榆园军的抗清活动仍在鲁西地区进行着。
顺治元年（1644）五月，李自成率大顺军西撤后，山东衮、沂二州所属各县农民纷起抗清。山东嘉祥县满家洞农民军，就是其中著名而又突出的一支。满家洞界连嘉祥、金乡等四县，周围二三百里，有大小洞穴千余个。八月间，当地农民军领袖宫文彩，自称擎天王，拥众二万余人竖旗抗击清军南下，旗帜上大书」大顺「年号，公开表示追随李自成领导的大顺农民军。他们以满家洞为根据地，联合周围的农民军，经常出鬼没地打击清军。清廷获知消息后，即派济宁道朱国治率军前往镇压。朱国治等人剿抚兼施，多次派人宣谕诏安，起义军虚与周旋，实则摆列火炮、枪刀与清军」
